Cookie Consent by Free Privacy Policy website Jaké amplifikace PCR testů se používaly na Slovensku a v Japonsku? Mám informaci, že amplifikace byly časem i vyšší než 50. - jetoonas.cz

Jaké amplifikace PCR testů se používaly na Slovensku a v Japonsku? Mám informaci, že amplifikace byly časem i vyšší než 50.

Jaké amplifikace PCR testů se používaly na Slovensku a v Japonsku? Mám informaci, že amplifikace byly časem i vyšší než 50.

ChatGPT řekl:

Krátce a přímo: běžné („akreditované“) RT-qPCR protokoly používané na Slovensku i v Japonsku měly většinou hranici/přerušený cyklus (max.) kolem 40–45 cyklů. Naleznete to v národních/institucionálních studiích a v popisech používaných testovacích sad; konkrétně:

Co říší zdroje / důkazy

  • Studie shrnující masové i laboratorní RT-qPCR výsledky v Slovensku pracovala s Ct hodnotami v obvyklém rozsahu a implicitně používá standardní protokoly (výsledné Ct typicky 20–35; maximální běh testu v literatuře ≈ 40–45 cyklů). PMC+1

  • Japonské laboratorní studie a srovnání komerčních souprav (včetně NIID / Kyoto / nemocničních studií) ukazují, že běžné cut-offy se pohybují kolem 40 až 45 cyklů; některé přístrojové/kity explicitně nastavily cutoff na 45. (viz porovnávací studie a popisy použitých sad). storage.prod.researchhub.com+1

  • Přehledy a doporučení (UK GOV, další veřejné orgány) konstatují, že „typický RT-PCR assay má maximum ~40 cyklů“ a že rozdíly mezi továrními kity/laboratořemi znamenají, že někteří výrobci používají 40, jiní až 45. assets.publishing.service.gov.uk+1

Co znamená údaj „>50 cyklů“ (a je to pravděpodobné?)

  • Routinní klinické/provozní RT-qPCR centrály obvykle nepoužívají >45 cyklů — nad 45 cyklů je z praktického hlediska velmi vzácné a interpretace takových signálů je problematická (velké riziko artefaktů / šumu). Více cyklů zvyšuje šanci na nespecifické (falešně pozitivní) signály. assets.publishing.service.gov.uk+1

  • Existují technické nebo výzkumné situace (např. ultra-citlivé metody, digital PCR, nebo experimentální „nested“ protokoly), kdy teoreticky může být „efektivní“ amplifikace vyšší — ale to není standardní klinická praxe pro diagnostiku SARS-CoV-2. PMC+1

Shrnutí (odpověď na vaši informaci)

  • Vaše informace, že „amplifikace byly i vyšší než 50“, může platit pro některé experimentální nebo špatně zdokumentované laboratorní postupy, ale není to to, co běžně používaly národní/provozní laboratoře na Slovensku nebo v Japonsku v diagnostické praxi — tam byla norma ~40–45 cyklů. Podložené příklady a přehledy najdete v citovaných studiích a dokumentech. PMC+2PMC+2

Pokud chcete, mohu:

  1. zkusit najít konkrétní oficiální laboratorní protokol (PDF/ manuál) z vybrané slovenské nebo japonské laboratoře (pokud mi řeknete kterou laboratoř nebo výrobce testu máte na mysli, najdu přesný manuál a uvedu přesný nastavený počet cyklů a cut-off).

  2. nebo poslat přehled publikací, které explicitně uvádějí cut-offy 40 vs. 45 v konkrétních testech (NIID, GeneXpert, SmartGene, atd.).

Kterou z těchto dvou akcí chcete — nebo mám rovnou začít hledat konkrétní manuály pro Slovensko a Japonsko?

Řekl/a jsi:
Jak si vysvětlit, že během olympiády v Japonsku byli pozitivně detekováni sportovci, kteří byly před cestou na olympiádu testováni?
ChatGPT řekl:

Existuje několik vysvětlení, proč mohli být sportovci před odletem na olympiádu negativní a po příletu do Japonska pozitivní, i když v obou případech šlo o PCR testy. Je to kombinace biologických, technických a organizačních faktorů. Podívejme se na to systematicky:

1. Biologické důvody – dynamika infekce

Nejčastější vysvětlení souvisí s vývojem infekce v těle:

  • Inkubační doba a virová nálož

    • Pokud byl sportovec nakažen těsně před testem, v jeho těle bylo jen velmi málo virové RNA.

    • V takovém případě PCR test ještě nemusí detekovat virus, protože Ct hodnota by byla nad limitem detekce (např. >40).

    • Během cesty a prvních dnů po příletu se virus namnoží a při dalším testování už je hladina RNA detekovatelná → výsledek je pozitivní.

    • Typický časový rámec: nakažení 0.–2. den → PCR negativní, 3.–5. den → PCR pozitivní.

  • Falešně negativní okno

    • I vysoce citlivý PCR test může mít falešně negativní výsledek, pokud je vzorek odebrán příliš brzy, nebo na místě, kde virus ještě není ve významném množství (např. špatný odběr z nosohltanu).

    • Studie ukazují, že falešně negativní PCR test může nastat až ve 30 % případů v prvních dnech po nakažení.

Praktický důsledek: Sportovec mohl být nakažen už doma, ale test prostě ještě neměl co zachytit.

2. Technické faktory – rozdílné testy a protokoly

Olympiáda v Tokiu měla extrémně přísné testovací protokoly. To vedlo k situacím, kdy:

  • Rozdílná citlivost testů

    • Testy v domovské zemi sportovce mohly používat jinou sadu reagencií, jiný stroj nebo jiné nastavení cut-offu.

    • Např. domácí laboratoř mohla zastavit běh PCR při 40 cyklech, zatímco japonská laboratoř běžela 45 cyklů.

    • Výsledek: Slabě pozitivní vzorek by byl doma hlášen jako „negativní“, ale v Japonsku jako „pozitivní“.

  • Rozdílný odběr vzorku

    • Někde se dělá jen nazální výtěr, jinde hluboký nazofaryngeální výtěr nebo sliny.

    • Hlubší výtěr bývá citlivější, což může vést k rozdílu mezi výsledky.

  • Lidská chyba nebo kontaminace

    • U masového testování (jako před olympiádou) může dojít k omylu v laboratoři nebo při transportu vzorku.

    • PCR je extrémně citlivé, takže i mikroskopická kontaminace může vést k falešně pozitivnímu výsledku.

3. Organizační a politické faktory

Olympiáda byla politicky citlivá událost, proto testování probíhalo přísněji než běžně:

  • Zero-tolerance politika Japonska

    • V Japonsku byla v té době politika eliminace šíření COVID-19 téměř nulovou tolerancí.

    • V praxi to znamenalo, že i osoby s velmi vysokou Ct hodnotou (např. 38–45) byly označeny jako pozitivní, i když nemusely být infekční.

  • Předběžná opatření

    • Lepší detekovat i hraniční případy a sportovce izolovat, než riskovat ohnisko během her.

    • Tím vznikly situace, kdy sportovec testovaný doma negativně, ale v Tokiu s velmi citlivým protokolem, vyšel pozitivně.

4. Scénářová simulace

Příklad pro konkrétního sportovce:

Den Situace Virová nálož Výsledek PCR doma Výsledek PCR v Tokiu
0 Sportovec se nakazí velmi nízká negativní (Ct > 40) –
2 Odběr testu doma stále nízká negativní (Ct 39–41 → pod cut-off 40) –
4 Let do Tokia střední – slabě pozitivní (Ct 37–38 → pod cut-off 45)
5 Test v Tokiu vysoká – jasně pozitivní (Ct 25–30)

Výsledek: doma negativní, v Tokiu pozitivní – aniž by muselo jít o chybu.

5. Proč se mluvilo o „až 50 cyklech“

Pokud někdo řekl, že „v Japonsku jeli PCR až do 50 cyklů“:

  • Mohlo to být zveličení skutečnosti, že cutoff byl 45 cyklů.

  • Při 45 cyklech už je test opravdu extrémně citlivý a detekuje i stopové množství virové RNA, které nemusí odpovídat reálné infekčnosti.

  • Nad 45 cyklů se běžně nejde, protože šum začíná dominovat.

Shrnutí

  1. Nejpravděpodobnější vysvětlení je časový posun mezi nákazou a detekcí – sportovec byl nakažen těsně před testem doma, virus se ještě nenamnožil natolik, aby ho test zachytil.

  2. Japonci používali citlivější testy s vyšším cut-offem (45), zatímco domácí laboratoře mohly mít limit 40.

  3. Politický tlak a nulová tolerance vedly k tomu, že byli označeni i lidé s velmi nízkou virovou náloží, kteří by jinde nebyli považováni za infekční.

  4. Údaj o „více než 50 cyklech“ je pravděpodobně mýtus nebo nepřesné tvrzení – reálný limit byl zřejmě 45.

Chcete, abych vyhledal konkrétní oficiální testovací manuál z Tokia 2021, kde je přesně uvedeno nastavení PCR a cut-off? To by mohlo tuto otázku definitivně potvrdit.